Réseau :
CurieCoreTech
Présentation
La cytométrie est une approche technologique puissante permettant de mesurer à haut débit différents aspects phénotypiques, fonctionnels ou structurels à la résolution de la cellule unique au sein d’échantillons complexes.
La plateforme de cytométrie de l’Institut Curie CYTPIC propose ainsi aux utilisateurs internes et externes des solutions adaptées s’appuyant sur des technologies de pointe à savoir la cytométrie conventionnelle, spectrale, en image et spatiale appliquées à l’étude des biomarqueurs circulants, vésicules extracellulaires, cellules et tissus.
Nos activités
CYTPIC distribuée sur trois sites (Paris, Orsay et St Cloud) est rattachée au département Curie Core Tech du Centre de Recherche de l’Institut Curie et offre de la prestation et de l’innovation en cytométrie pour la recherche en Sciences du Vivant. Elle dessert une communauté de biologistes locaux et nationaux, académiques et industriels, de plus de 300 utilisateurs par an. Les équipements de CYTPIC sont utilisés à raison de 10000+ heures par an, et la plateforme, est labellisée IBiSA depuis 2021, et certifiée ISO 9001 et NFX 50-900 (Paris & Orsay) depuis 2024.
Nos missions
Les grandes missions de CYTPIC sont exposées dans notre Politique Scientifique et Qualité et visent à garantir l’excellence opérationnelle, la qualité des données et l’innovation continue. Nous nous engageons à maintenir des équipements de pointe, à former le personnel régulièrement et à suivre les normes de qualité les plus strictes. L’accès équitable aux utilisateurs, la confidentialité des données et le développement de collaborations interdisciplinaires sont également au cœur de nos objectifs. Nous nous efforçons d’adapter nos services aux besoins des chercheurs et de promouvoir la recherche de pointe dans le domaine de la cytométrie.
Nos objectifs
Revus triennalement, nos objectifs sont atteints grâce à une stratégie basée sur l’innovation technologique, par de nouveaux équipements, de nouvelles approches d’analyse de données et par l’expertise et le professionnalisme du personnel de la plateforme dans le respect de la règlementation.
Pour tout renseignement complémentaire, contacter : cytometrie@curie.fr
Publications clés
Nature Communications - 26/11/2024
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Nature Cancer - 12/01/2024
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Journal of Extracellular Vesicles - 01/12/2023
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Nature Communications - 01/08/2023
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Nature Communications - 17/04/2023
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Cell Reports Methods - 01/11/2022
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Proceedings of the National Academy of Sciences - 26/04/2022
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Proceedings of the National Academy of Sciences - 26/10/2021
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Journal of Clinical Investigation - 19/01/2021
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Angiogenesis - 01/11/2020
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Intensive Care Medicine - 01/10/2020
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Vie d'équipe
CYTPIC Workshop - Monday, January 19th 2026
FlowJo Training/hands on
The cytometry platform is organizing a training/hands on for FlowJo software in the BDD amphitheater (BDD building-11 Rue Pierre et Marie Curie, Paris) on January 19th 2026. The day presented by Serena Di Cecilia will be divided into two sessions as detailed below. You have the possibility to come with your laptop and flowjo installed on it (demo version) to practice in real time.
Register at: https://forms.office.com/r/52V1f77jPA
Session details :
10:00 AM - 12:00 PM | Basics of data analysis- Introduction to FlowJo™ v11 Software
Navigating the v11 Workbench
Analysis tree
Metadata Manager
Sample quality check
Compensation
Graphs and Gatings
Tables
Charts
Reports
Advanced features (Xshift, tSNE)
1:30 PM - 4:00 PM | Advanced high Dimensional data analysis in FlowJo™ v10 Software
High Dimensional data analysis
The FlowJo Plugins
Quality Check plugins: (FlowAI, FlowClean, PeacoQC)
Reduce Dimensionality, tSNE, UMAP, TriMap, PacMAP
Exploring Deeper: Euclid, Hyperfinder, cluster explorer, ViolinBox, MEM
Automated clustering : FlowSOM, XShift,
Phenograph
Demonstration
PRESENTED BY:
Serena Di Cecilia, PhD
Software Solution Manager, EMEA
BD Biosciences
AFC Annual Meeting 2025
CYTPIC will be present at the AFC annual meeting that will take place on Dijon, France on november 26, 27 and 28.
Feel free to come and visit us during our poster sessions or at one of our conferences !
CYTPIC New spectral Cytometers in Paris and Orsay
2 new spectral Aurora Evo cytometers at CYTPIC
We are pleased to announce the arrival of two new spectral cytometers within our Cytometry platform, one in Orsay and one in Paris. Equipped with 5 lasers (355nm, 405nm, 488nm, 561nm and 640nm), they allow detection of more than 40+ markers, with an improved sample throughput (up to 200 µl/min) and plate loader 96-(deep) well to 384-well plate, 40-tube rack (12 x 75 mm).
CYTPIC Workshop - 12 juin 2024
Spectral and Imaging Flow Cytometry Day
Dear All,
To follow the new investments in our laboratory, the CYTPIC (Cytometry Platform of the Institut Curie) is pleased to invite you to a seminar day sponsored by Cytek and entitled:
SPECTRAL AND IMAGING FLOW CYTOMETRY DAY - You will find the program enclosed.
The day will take place on Wednesday June 12, 2024 in Institut Curie, Constant Burg Amphitheater, Lhomond Building, 12 rue Lhomond, 75005 Paris.
Registration is free but required before June 01st ! : https://forms.office.com/e/L4W2H5SEyM
For more information, please contact cytometrie@curie.fr.
CYTPIC General Assembly 2024 - 22 février 2024
General Assembly
Dear CYTPIC users,
Please find here the invitation to the General Assembly of the Cytometry Platform which will take place on February 22, 2024 at 10 a.m. by Teams (ID de la réunion : 318 355 794 319 ; Code secret : DEfFAN ).
May I ask you to please complete this short anonymous questionnaire before February 20th so that we can use the results as a basis for discussion: https://forms.office.com/e/L34qVsda7t?origin=lprLink.
It will also be an opportunity to discuss the past, present and future!
Thank you for your help and participation.
Hands-on Workshop - 7 février 2024
Single Extracellular Vesicles analysis
Dear Colleagues,
The French Society of Extracellular Vesicles (FSEV) and the French Association of Cytometry (AFC) are pleased to announce that their first joint Hands-on Workshop: "Single Extracellular Vesicles analysis" will be held from Wednesday, February 7th to Friday, February 9th, 2024 at FIAP Jean Monnet in Paris (France).
The workshop will be organized as follow over 3 days and attendance capacity will be limited to 60:
An afternoon dedicated to an overview of the fundamental and technological challenges in the study of extracellular vesicles by academic experts.
A full day with practical sessions divided into 4 slots of 2 hours where each company will allow groups of 6 people to manipulate directly their device and to test the reference material of the company and batches of calibrated vesicles. A description of each workshop is available here.
A Morning dedicated to the analysis and the discussion of the results on each technology.
Upgrade - 31 janvier 2024
Aurora Upgrades - 561 nm laser & plate reader
Dear users,
The CYTPIC is pleased to inform you that we will be upgrading our Aurora spectral cytometer to increase its capabilities.
This will take place in two steps:
- end of January: addition of a 561 nm laser, to increase the number of detection channels.
- March-April: addition of a 96-well plate reader to facilitate acquisitions.
Do not hesitate to come back to me or to the platform in case of questions or needs related to these upgrades.
AFC Annual Meeting 2023
CYTPIC will be present at the AFC annual meeting:
Toulouse and the Occitanie Region are pleased to host the 26th congress of the French Cytometry Association (AFC) which will take place on November 15, 16 and 17, 2023 at the Pierre Baudis Congress Center. Many practical workshops will also be organized on November 14, led by local and national cytometrists.
Don’t hesitate to come visit us during the poster sessions or at one of our talks!
CYTPIC Workshop - 8 septembre 2023
FlowJo Training/hands on
The cytometry platform is organizing a training/hands on for FlowJo software in the BDD amphitheater (Institut Curie Paris) on September 8, 2023. The day presented by Serena Di Cecilia (Treestar/Becton Dickinson) will be divided into two sessions as detailed below. You have the possibility to come with your laptop and flowjo installed on it (demo version) to practice in real time.
Registration is free but mandatory via the following link: https://forms.office.com/e/ku0EL5nSy0
FlowJo Training agenda:
Basic: 9:30-12:30
Navigating the v10 Workspace; Customizing Ribbons; Preferences (customize fonts, gating, cytometer setting, computer performance); Creating and Editing Groups; Keywords; Sample quality check and exclusion gates; Graphs, Gating and Ancestry; The Layout Editor; Batching and Exporting Graphics; The Table Editor and Exporting Statistics; Compensation; Demonstration.
Advanced: 2:00-4:00
High Dimensional data analysis; The FlowJo Plugins; Installation; Quality Check plugins: (FlowAI, FlowClean); Reduce Dimensionality, tSNE, UMAP, TriMap; Automated clutering and more : FlowSOM, x-shift, Phenograph; Exploring Deeper: Hyperfinder, cluster explorer, ViolinBox; Demonstration.
CYTPIC Newcomer - 17 juillet 2023
New Research Engineer
CYTPIC is pleased to announce the arrival of Anne-Gaelle Lafont, PhD.
"Since obtaining my PhD degree in biology in 2006, I have had the opportunity to work in various fields of research. I worked mainly on aquatic models (fish, cephalopods) and on the impact of environmental factors (salinity, temperature), hormones and peptides, on the physiological regulations of these different models. I also investigated the evolution history of gene families in vertebrates. For all this, I used molecular biology, cell biology, biochemistry and in silico approaches.
In 2019, I graduated from the inter university degree “Project Manager and Investigator of Clinical Trials” at Pierre and Marie Curie University. I was then recruited as a research engineer, operational manager of the biobank of the Saint-Antoine hospital in Paris. During this contract, I notably set up the microbiology laboratory for the new activity of the Biobank dedicated to research on the Intestinal Microbiota.
Since the 17th of July, I have joined the Paris Cytometry Plateform of the Curie Institute.
Anne-Gaelle Lafont."
CYTPIC Upgrade - 13 juillet 2023
Chromium iX
The Cytometry Platform of the Institut Curie (CYTPIC) is happy to announce the upgrade of our Chromium Controller to the Chromium iX at the site of Orsay thanks to the Initiative Single Cell (NGS platform) and the support of U1021, UMR3348 and the Research Center.
The Chromium iX, based on NextGEM technology, is a microfluidic instrument for isolating cells or cell nuclei from a suspension (biological sample) for transcriptomic, proteomic and/or epigenetic analysis in NGS at the scale of single cells or nuclei.
The Chromium iX supports new 10X solutions (RNA Fixed, and more to come). Possible and non-exhaustive applications:
- Single Cell Gene Expression on all types of fresh or fixed cells.
- Characterization of accessible regions of chromatin (ATAC) at single nucleus scale, possible in combination with gene expression on single cells or nuclei.
- Amplification of VDJ sequences in fresh human and murine T and B lymphocytes for single-cell immune profiling of test organisms.
SEMINAR 2 :
Second seminar will be co-organized with ThermoFisher on June 21st from 10am to 11am in Amphithéatre Marie Curie.
Procartaplex: Detect and quantify simultaneoulsy multiple proteins (up to 80) in a single sample, using the Luminex xMAP technology. Combine multipexing efficacy with Elisa easiness, sensitivity,
precision and reproducibility. www.thermofisher.com/procartaplex
Branched DNA (bDNA): A unique approach allowing RNA detection by using successive nucleic acids hybridization
and signal amplification.
QuantiGene®plex assays: Detect and quantify multiple RNA in one sample. No need to extract or purify , no need to check RNA quality (up to 80 targets). Work on degraded samples.
Combine Branched DNA principle with Luminex® xMAP® technology.
CYTPIC Seminar - 19 juin 2023
Seminar on Multiplexing technologies for proteins assays 1/2
Cytometry platform is pleased to organize two consecutive seminars on multiplexing technologies for protein assays compatible with our Bioplex instrument already available on the Paris site.
SEMINAR 1 :
The first seminar will be co-organized with Merck on June 19th from 1pm to 2pm in Amphithéatre Marie Curie.
Cytometry Platform of Institut Curie & Luminex : An immunoassay Platform Solution that can empower Immuno-Oncology breakthroughs
Don’t miss this unique opportunity to learn on how the Immunoassay Platform Solutions (IPS) available within the Cytometry Platform of Institut Curie can empower research into Immuno-oncology.
During this session, Merck will deep dive into their comprehensive IPS portfolio, presenting the power of the MILLIPLEX ® multiplex cancer assays compatible with Luminex technology already available within the Cytometry Platform. This multiplex solution allows up to 100 ELISA at once with high consistency, high-quality results while saving time, labor and cost.
Join us and see how these technology can help drive breakthroughs in cancer research.
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Cytométrie conventionnelle, spectrale & en image
CYTPIC dispose de cytomètres en flux conventionnels reposant sur l’emploi de source d’excitation monochromatiques fixes et de collecte des émissions maximales grâce à des filtres BP dont la visualisation des signaux est ajustée par compensations. Permettant de mesurer de 1 à 27 paramètres simultanément, certains instruments sont thermostatés et peuvent être associés à un lecteur de plaques permettant un criblage à haut débit.
La cytométrie spectrale est une technologie puissante utilisée pour caractériser des systèmes complexes. Après excitation par tous les lasers présents dans l’instrument, l'émission du fluorochrome est collectée dans de multiples détecteurs disposant de filtres optiques BP fins et consécutifs. La distinction des fluorochromes aux propriétés optiques proches est rendue possible grâce à la déconvolution de leurs signatures spectrales uniques distinctes de l’autofluorescence.
Pour compléter son offre d’instrument et augmenter sa puissance d’analyse, CYTPIC est équipé d’un cytomètre en image. Cet instrument est un pont entre la microscopie et la cytométrie permettant de mesurer l’intensité de fluorescence mais aussi d’évaluer la localisation de la fluorescence au sein de la cellule unique en suspension.
La quantification de paramètres tels que la (co-)localisation, les changements morphologiques ou encore les interactions cellule-cellule sur des centaines de milliers de cellules confère une grande puissance statistique d’analyse.
Pour tout renseignement complémentaire, contacter : cytometrie@curie.fr
Tri, barcoding & biomarqueurs
Le tri cellulaire est une méthode permettant d’isoler physiquement des cellules ciblées en fonction de leurs caractéristiques de morphologie et de fluorescence au sein d’un mélange hétérogène. Le tri cellulaire permet un grand nombre d’applications en aval, comme la culture cellulaire, l'analyse moléculaire et cellulaire ou le clonage de cellules individuelles. Nos instruments ont la capacité de collecter des cellules en bulk (jusqu'à 4 populations simultanément) ou en cellules individuelles (plaque jusqu'à 384 puits).
Le barcoding cellulaire repose sur un instrument microfluidique permettant d’isoler des cellules ou des noyaux à partir d'une suspension (échantillon biologique) pour l'analyse transcriptomique, protéomique et/ou épigénétique en NGS.
La plateforme CYTPIC dispose d'un automate dédié à l'étude de biomarqueurs (protéines et acides nucléiques) flexible et fiable qui permet le multiplexage de jusqu'à 100 biomolécules dans un seul échantillon. Il propose une automatisation de la lecture en plaques 96 puits, produisant jusqu’à 9 600 points de données par run.
Pour tout renseignement complémentaire, contacter : cytometrie@curie.fr
Omiques spatiales sur tissus
CYTPIC propose un scanner de lame à fond clair ultra-haut débit et de grande capacité (360 lames) avec objectif 20x et 40x et temps de balayage rapides qui le rendent adapté aux activités cliniques et de recherche.
CYTPIC dispose d’un instrument d'imagerie multimodal spectral à haute résolution et pour lame entière. Une combinaison d'immunofluorescences simultanées et quantitatives (jusqu’à 17 fluorescences en même temps) couplée à de l’imagerie en champ clair (Ex : H&E) permet des études de biologie spatiale et une quantification robuste de biomarqueurs. Au-delà de l'identification de sous-populations de cellules, cette approche renseigne sur la localisation spatiale des sous-populations identifiées au sein du tissu, leur proximité entre elles et les interactions avec la matrice extra-cellulaire, les vaisseaux sanguins et les autres composants tissulaires.
Afin de renforcer l'analyse protéomique tissulaire, CYTPIC est aussi dotée d'un instrument d'imagerie spatiale de la cellule unique pour l'analyse transcriptomique. Ce dernier intègre de manière transparente le flux de travail de détection de transcrits, d'imagerie haute résolution, de décodage et d'analyse des données embarquées. À l'aide d'une segmentation cellulaire multimodale, cet instrument peut analyser 472 mm² de tissu par cycle, en ciblant jusqu'à 480 gènes en moins de 3 jours ou jusqu'à 5 000 gènes en moins de 6 jours.
Des solutions de segmentation, de QC et d’analyse de données spatiales développées conjointement avec la plateforme de Bioinfomatique peuvent être mise à disposition.
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Instruments
Site CYTPIC : Paris (P), Orsay(O), St Cloud (SC)
Analyseurs conventionnels
BD LSR Fortessa : jusqu'à 18 couleurs. 5 lasers : 355 nm, 405 nm, 488 nm, 532/561 nm et 638 nm. Lecture en tubes (5ml ou micronics) – P, O, SCBC Cytoflex LX : jusqu'à 19 couleurs 5 lasers : 375nm, 405nm, 488nm, 561nm et 638nm. Lecture en tubes (5ml) et en plaque 96 puits (rond ou fond en V) - P
Biorad ZE5 : jusqu'à 27 couleurs 5 lasers : 355nm, 405nm, 488nm, 561nm et 638nm. Lecture en tubes (5 ml, 2 ml et 1,5 ml) et en plaques 96 puits (fond rond et fond V), plaques 384 puits et deepwell 96 puits - P
Analyseurs spectraux
Cytek Aurora : 43 couleurs. 5 lasers : 355 nm, 405 nm, 488 nm, 561nm et 640 nm. Lecture en tubes (5ml et micronics), lecteur de plaques – P, SC Cytek Aurora Evo : 43 couleurs. 5 lasers : 355 nm, 405 nm, 488 nm, 561nm et 640 nm. Lecture en tubes (5ml et micronics), lecteur de plaques – P, O
Analyseurs en image
ImageStream X MKII (IMSX) 10 couleurs, 2 champs lumineux. 4 lasers : 405 nm, 488 nm, 561 nm et 638 nm. Grossissements : 20x, 40x et 60x - P
Trieurs conventionnels
BD Aria IIIu 11 couleurs. 4 lasers : 405 nm, 488 nm, 561 nm et 640 nm. Collecte : 4 voies de tri maximum pour les tubes de 5 ml, 2 ml et 1,5 ml, 2 voies de tri maximum pour les tubes de 15 ml, tri en plaques de 6 puits à 96 puits, tri sur lames. Index sorting disponible – OBD Aria Fusion 18 couleurs. 5 lasers : 355 nm, 405 nm, 488 nm, 561 nm et 640 nm. Collecte : 4 voies maximum pour tubes 1,5 ml, 2ml et 5ml, 2 voies de tri maximum pour tubes 15ml, tri en plaques 6 puits à 96 puits, tri sur lames. Index sorting disponible - P
Sony SH800 6 couleurs, 4 lasers colinéaires : 405nm, 488nm, 561nm et 638nm. Collecte : 2 voies de tri en tubes (1,5 ml, 2ml, 5 ml et 15 ml) et en plaques de 6 à 384 puits. Index sorting disponible - P
Beckman Coulter Cytoflex SRT 12 couleurs. 3 lasers : 405nm, 488nm et 561nm. Collecte : 4 voies maximum en tubes 5mL, 2 voies de tri maximum pour tubes 15ml, tri en plaques 96 puits et 384 puits. - P
Trieurs spectraux
Cytek Aurora CS jusqu'à 43 couleurs. 5 lasers : 355 nm, 405 nm, 488 nm, 561 nm et 640 nm. Collecte : 6 voies de tri maximum pour tubes 1,5 ml, 2ml et 5ml, 2 voies de tri maximum pour tubes 15ml, tri en plaques 96 et 384 puits. Index sorting disponible – P, SC
Barcodeurs
10x Genomic Chromium iX Controller, dispenseur et barcodeur single cell – O, SC
Scanner de lames
Hamamatsu Nanozoomer S360: scanner de lames 360 lames/run, grossissement 20x, 40x, Brightfiled (~30 lames /h au 20x) - P
Omiques spatial
Rarecyte Orion jusqu’à 20 couleurs. 7 lasers : 405nm, 445nm, 470nm, 520nm, 555nm, 640nm et 730nm. Grossissements : 4x, 10x,20x et 40x - P
10x Xenium jusqu'à 2 lames par cycle. 472 mm² de tissu par cycle, jusqu'à 480 gènes en < 3 jours ou jusqu'à 5 000 gènes en < 6 jours - P
Pour tout renseignement complémentaire, contacter : cytometrie@curie.fr
Expertise & Synergie
Prestations & Innovations
Avant tout service, la présente Charte de CYTPIC doit être acceptée par l’Utilisateur et l’Investigateur via la plateforme OpenIris. L’Utilisateur devra également et obligatoirement fournir une attestation de formation pour travailler dans un laboratoire de confinement de niveau 2. Pour les académiques, les services s’entendent directement entre les parties intéressées. Pour les industriels, un contrat de service doit être formalisé directement avec la Direction de la Valorisation et de la Propriété Intellectuelle (DVPI) de l’Institut Curie au préalable de tous services.
CYTPIC est une plateforme à laquelle l’Investigateur et l’Utilisateur peuvent avoir accès soit dans le cadre d’un service de Prestation soit dans le cadre d’un service d’Innovation. Cet accès peut donc se traduire selon les modalités d’utilisation prédéfinies entre l’Utilisateur, l’Investigateur et CYTPIC :
Une Prestation lorsque l’Utilisateur, en accord avec l’Investigateur, bénéficie de l’instrumentation de CYTPIC par un service à utilisation autonome ou assistée ;
Une Innovation lorsque l’Utilisateur, en accord avec l’Investigateur, bénéficie de l’expertise de CYTPIC pour le développement de solutions innovantes dans le cadre d’une collaboration ou d’une preuve de concept (Proof-Of-Concept POC).
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Synergie institutionnelle
Initiative Single cell : Au centre de recherche de l’Institut Curie, quatre plateformes technologiques du réseau CurieCoreTech (Séquençage Haut Débit (NGS ICGEX), Custom Single Cell Omics, Cytométrie et Bioinformatique) ont décidé d’unir leurs forces et de créer l’Initiative Single Cell. Ce programme structurant vise à coordonner et à partager les ressources pour optimiser les services et les développements des technologies Single Cell pour la communauté scientifique.
Cell Action : Plateforme de thérapie cellulaire cellulaires et géniques, et en particulier les cellules CAR-T (chimeric antigen receptor). CellAction (Cell therapy Acceleration and Innovation) est une plateforme du Paris-Saclay Cancer Cluster (PSCC) qui a ouvert à l’Institut Curie en 2024.
Plateforme de vésicules extracellulaires : Cette plateforme propose son expertise dans l'isolement et la caractérisation des vésicules extracellulaires, reposant en partie sur de la cytométrie, en suivant les recommandations expérimentales publiées par l'International Society of Extracellular Vesicles.
Service de Pathologie Expérimentale et service d’immunologie clinique : Ces services sont intégrés au Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique de l'Ensemble Hospitalier et travaillent en collaboration avec CYTPIC.
Pour tout renseignement complémentaire, contacter : cytometrie@curie.fr
Contact
Equipe et localisations
